Litoral- oder Küstenzone (0-10 m)
Da die Küste ein Extremstandort ist, gedeihen dort nur Pflanzen, die eine hohe Salztoleranz besitzen. An steinigen geschützten Küstenabschnitten findet man vorzugsweise verschiedene Mangrovenarten, auf Sandstränden eher sukkulente Kräuter und Sträucher.

Aride oder Trockenzone (10-100 m)
Flächenmäßig ist die Trockenzone die größte Vegetationszone mit der größten Anzahl an Endemiten. Diese Pflanzen haben Strategien entwickelt, um trotz der hier vorherrschenden Trockenheit zu überleben, durch tiefreichendes Wurzelsystem, Laubabwurf in der Trockenzeit oder die Reduktion der Blätter trotzen sie dem ariden Klima. Typische Pflanzen der Trockenzone sind: Croton scouleri, Balsambäume, Mezquite-Sträucher, Parkinsonien, Castela galapageia, scutia pauciflora, Gelbe Cordien, Galápagos-Baumwolle, Galápagos-Passionsblume, verschiedene Baumopuntien, Galápagos-Säulenkaktus und Lavakaktus.

Übergangszone (100-200 m)
Hier findet man sowohl trockne, als auch feuchte Klimabedingungen. In dieser Mischzone werden Trockenpflanzen allmählich von immergrünen Arten abgelöst wie Gräsern, Farnen, Korallenbäumen, Galápagos-Guaven, Piscidia carthagensis, Lebermoosen, Bartflechten, Tournefortia-Arten und Psychotria ruficeps.

Scalesia-Zone (200-400 m)
Durch häufige Niederschläge und die hohe Luftfeuchtigkeit während der Garúa-Zeit findet man hier ein üppiges Pflanzenwachstum. Der Boden ist durch verwesendes Pflanzenmaterial außerodentlich fruchtbar. Typische Pflanzen der Scalesia-Zone sind: Scalesien, Katzenkralle, Moose und epiphytische Pflanzen wie Farne, Orchideen, Galápagos-Misteln und die einzige auf Galápagos vorkommende Bromelienart Racinaea.

Braune Zone (400-450 m)
Diese Zone ist durch die Einwirkung des Menschen inzwischen fast vollständig verschwunden, einige Überreste dieser Zone findet man noch im Norden von Santa Cruz. Hier wachsen vorwiegend Zantoxylum fagara, Tournefortia pubescens, Acnistus ellipticus und Lebermoose. Die Bäume werden von Epiphyten überwuchert und nehmen während der Trockenzeit eine bräunliche Farbe an.

Miconia-Zone (450-550 m)
Diese Zone findet sich nur auf Santa Cruz und San Cristóbal. Dort bedecken Miconia-Sträucher der Art robinsoniana die Hänge. Sie sind bewachsen von Lebermoosen, dazwischen gedeihen Farne und Bärlappgewächse. Auch diese Zone wurde durch den Eingriff des Menschen (Rodung und Einfuhr von Guaven und Chinarindenbäumen) fast zerstört.

Pampa-Zone (ab 550 m)
Charakteristisch ist das fehlen von Sträuchern und Bäumen. In dieser feuchtesten aller Zonen gedeihen Farne, Gräser, Bärlappgewächse, Moose und der über 3 m hohe Baumfarn.